Bagian Kerjasama Setda Kota Surakarta terbentuk pada tahun Januari 2009. Setelah sebelumnya Tugas dan Wewenang yang saat ini dilakukan oleh Bagian Kerjasama Setda Kota Surakarta, dilaksanakan oleh Bagian Pemerintahan Umum Setda Kota Surakarta dan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (Bappeda) Kota Surakarta.

Namun karena volume pekerjaan yang beruhubungan dengan kerjasama dengan lembaga pemerintah maupun non pemerintah baik Dalam Negeri maupun Luar Negeri semakin bertambah banyak, maka dengan Peraturan Walikota Surakarta Nomor 9 Tahun 2008 tentang Penjabaran Tugas Pokok, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah Kota Surakarta, Bagian Kerjasama dibentuk untuk melaksanakan kegiatan yang berhubungan dengan kerjasama.